A economia ecológica difere da teoria econômica convencional desde seu princípio. Enquanto esta entende que a economia é um todo, aquela afirma que a economia é apenas parte de um todo muito mais amplo que a envolve. Partindo dessas diferenças, temos que o ramo convencional não reconhece os fluxos de matéria e energia que entram e saem do processo produtivo, nem a diferença qualitativa entre eles. A ecológica, por sua vez, utilizando uma metáfora com conceitos de termodinâmica, defende que o processo econômico promove transformações qualitativas que possuem direção no tempo e que são irreversíveis. Por conta disso, temos também que a teoria tradicional entende os fatores de produção como substitutos, por não enxergar diferenças qualitativas entre eles, apenas a relacionada ao valor final. O ramo ecológico aponta que a falha desse pensamento é que, na realidade, os fatores de produção são complementares, havendo limites biofísicos para a tecnologia, e serviços insubstituíveis e essenciais prestados pela natureza – os quais não possuem preço de mercado. Para exemplificar, o ramo tradicional entende que, uma vez que a indústria do petróleo e de energia representem juntos apenas 6% do PIB global, tais recursos não seriam tão importantes. Percebe-se que não há uma análise qualitativa da importância, apenas financeira. O mesmo ocorre quando esta vertente afirma que um colapso na agricultura não seria um problema, uma vez que houvesse um crescimento na produção de outros bens de valor monetário equivalente ou superior, ignorando o caráter primário e basal dessa produção.