Um PC recém montado e com o disco rígido formatado está pronto para receber o sistema operacional. Seu dúvida os sistemas operacionais mais usados nos PCs são os derivados do Windows 95, como é o caso do Windows 98 e Windows ME (Millennium Edition). Os outros sistemas operacionais mais usados são o Windows 2000 e o Linux. Com o lançamento do Windows XP, a Microsoft está unificando a linha de sistemas para uso pessoal e para uso profissional. O Windows XP foi criado a partir do Windows 2000, e terá duas versões principais: Windows XP Professional, sucessor do Windows 2000, e Windows XP Home, sucessor do Windows ME. O Windows 2000 por sua vez é derivado do Windows NT. Apesar de ser visualmente muito parecido com o Windows ME, seu mercado alvo não é o mesmo, mas a maioria dos programas podem ser perfeitamente utilizados tanto no Windows 2000/NT como no Windows ME/9x. Em poucas palavras, a linha NT / 2000 / XP Professional é voltada para aplicações profissionais, enquanto a linha 95 / 98 / ME / XP Home é mais indicada para a computação doméstica, multimídia e jogos. As versões profissionais do Windows oferecem recursos especiais de segurança indicados para servidores e estações de trabalho. A FAT32 pode ser usada com esses sistemas, ou seja, um disco rígido no qual foram usados os programas FDISK e FORMAT, pode receber o Windows NT, 2000 ou XP Professional. O ideal entretanto é que seja usado o NTFS, sistema de arquivos mais avançado que a FAT, usada nas versões SOHO (Small Office / Home Office) do Windows.