O artigo traz ao debate um tema inquietante na área de saúde do trabalhador, qual seja, o papel do médico do trabalho, no contexto de uma mudança de paradigma das políticas dirigidas às relações saúde-trabalho, a partir do advento do Sistema Único de Saúde. Buscando ater-se às questões epistemológicas de ser ou não a medicina uma ciência, analisa-se o papel da Medicina do Trabalho neste contexto, dentro de uma breve análise histórica de seu desenvolvimento, sua apropria- ção pela lógica dos sistemas produtivos e sua trajetória institucional, desde o surgimento do primeiro médico de fábrica. Conclui-se pela interpretação de que a Medicina do Trabalho não atende aos postulados éticos e científicos que se requer historicamente da medicina e de suas especialidades médicas, entendendo aquela como prática subserviente a outras variáveis, hegemônicas e não científicas. Além disto, remete o debate às contradições conceituais que envolvem a construção da área de saúde do trabalhador no Brasil.