Ao longo do século XVII, os colonos brasileiros entraram diversas vezes em choque com os portugueses que representavam o poder metropolitano no Brasil. De um lado, a elite colonial procurava proteger seu patrimônio das mãos do fisco português. De outro, os padres da Companhia de Jesus, os comerciantes do Reino e os governadores das capitanias lutavam para manter privilégios. As primeiras dificuldades surgiram em torno da questão da escravização indígena. Para os latifundiários do Rio de Janeiro, de São Paulo e do Maranhão, o emprego do índio como escravo era fundamental no trabalho da lavoura. Mas a Coroa proibiu essa prática, atendendo aos interesses dos jesuíta, que empregavam a mão-de-obra indígena nas missões, e à burguesia portuguesa, que vendiam escravos negros na Colônia.